III. Murat adına 1583-1592 yılları arasında yaptırılan külliyenin medrese bölümünde 29 Ekim 1937 tarihinde müze olarak açılmıştır. Medrese bölümü yetersiz kalınca 1972 yılındaki restore çalışmalarından sonra yapılan düzenlemeyle, imarethane bölümü arkeolojik eserlere, medrese bölümü ise etnografik eserlere ayrılmıştır. 01.02.2019 tarih ve E.99154 Sayılı Bakanlık Makam onayı gereğince Müdürlüğümüzde, teşhirde ve depolarda yer alan eserlerin paketlenerek yeni Manisa Müzesine taşımaya hazır hale getirilmesi amacıyla Manisa Müzesi 11.02.2019 tarihinden itibaren ziyarete kapalıdır.
